Der Samen ist das aus einer Samenanlage hervorgegangene, von der Mutterpflanze abfallende Ruhestadium der Pflanze.

Die Samenanlagen sind bei den Bedecktsamern im Fruchtknoten eingeschlossen und werden frühestens zur Zeit der Reife als Samen frei. Bei den Nacktsamern liegen sie zur Blütezeit frei auf der Oberfläche von Samen- oder Zapfenschuppen und sind höchstens zur Zeit der Reife (Wacholder) in fruchtähnliche Gebilde eingeschlossen. Seltener (Eibe, Ginkgo) stehen die Samenanlagen einzeln am Ende von Sprossen.

Der Samen enthält den Keimling und oft ein mehr oder weniger umfangreiches Nährgewebe und wird von der Samenschale (Testa) umschlossen. Der Samennabel (Hilum), ein verschieden geformter weißlicher Fleck auf der Samenschale, ist die Ablösungsstelle, an der der Samen am Samenstielchen (Funiculus), durch das der reifende Same ernährt wurde, festgeheftet war. Als Samenmantel (Arillus) wird eine nachträglich um den reifenden Samen entstehende und ihn ganz oder fast ganz einhüllende, becher- oder sackförmige Hülle bezeichnet (Eibe, Seerose, Pfaffenhütchen).